Le fragmentation scanning consiste à fragmenter les headers TCP en petits paquets. Cette technique est utilisée avec les deux précèdentes, ceci permet de contourner les filtres ou autres firewalls qui détectent les SYN et FIN scans. En effet ces équipements ne rassemblent pas les fragements, car ceci demanderai beaucoup de ressources et abaisserai les performances du réseau, et les laissent donc passer, c'est donc au système lui même de rassembler et de traiter, ces paquets fragmentés.